本ゲームでは隠れ家を入手することができる。

隠れ家は全部で24（PS3版は25）部屋存在し、すべて入手するとボーナスが手に入る。
$50,000　リスペクト+50,000

隠れ家に入ることでヒートを下げることができる。
銀行強盗や、トラック強奪などの目的地にもなる。
また、隠れ家には回復アイテムや武器等が置いてある。

ホテルの部屋やアパートは購入することで隠れ家として使用可能になる。
敵対マフィアの邸宅も爆破制圧後時間経過で復旧し、隠れ家として使用可能になる。
ストーリーを進めることで使用可能になる隠れ家も存在する。

リトルイタリー

名称	入手条件	購入価格	備考
コルレオーネ邸	アンダーボスに昇進する	‐	‐
セント･マーティンホテル	購入	$15,000	銀行に近いのでオススメ
ホテルアリオト	購入	$40,000	‐
バウリーホテル	購入	$20,000	‐
グランドアパート	最初から所持	‐	‐

ミッドタウン
ルーシーのアパート…$80,000
ピークホテル…$150,000　銀行・警察署長に近いのでオススメ
バルジーニ邸…爆破後使用可
カーネギークラブ…$125,000
サバナホテル…$115,000
セントアルバンズホテル…$85,000
ホテルマディソン…$100,000
シャトーリーフェ…MISSION11をクリアし、トムと会話後使用可
クレストビューホテル(PS3版)…コントラクトヒットEXECUTE PATRICK O'DONNELを達成後使用可

ヘルズキッチン
クネオ邸…爆破後使用可
ミセススピラネス…$45,000
ジ･エレガント…$55,000　警察署長・FBI捜査官にとても近いのでオススメ
プロヴィデンスホテル…$75,000

ブルックリン
ポーリーのアパート…MISSION09をクリア後使用可
セントセバスチャンホテル…$25,000
タッタリア邸…爆破後使用可

ニュージャージー
ストラキ邸…爆破後使用可
ハイウェイホテル…$
ジョージホテル…$60,000
ランプライトルーム…$30,000　銀行・警察署長に近いのでオススメ

PS3版では電話からハイヤーを呼ぶことができ、所持している隠れ家へワープできる。
但し、ミッション中はハイヤーは呼べない。